合伙承包工程协议有效需满足法定条件。依据《民法典》，协议需双方有民事行为能力、意思表示真实、内容合法等。若协议无效，可能导致工程无法顺利进行，甚至引发法律纠纷和赔偿责任。
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处理合伙承包工程协议效力问题，常见方式有协商、调解、仲裁和诉讼。选择时应考虑效率、成本和专业性，协商不成可考虑调解，仍无法解决则选择仲裁或诉讼。
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协议效力问题需重视。处理方式：1. 协商，双方友好沟通解决分歧；2. 调解，请第三方介入调解；3. 仲裁，依据仲裁协议申请仲裁；4. 诉讼，向法院提起诉讼，由法院判决。具体操作需根据实际情况选择。