运费被扣可依法处理，承运人有权留置货物。依据《民法典》，不支付运费，承运人可行使留置权。不及时处理可能导致货物被长期扣留，影响经营。
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运费被扣常见处理为协商、诉讼或仲裁。首先尝试与对方协商；协商不成，可根据合同选择诉讼或仲裁，依据《民法典》维护权益。
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运费被扣应这样处理：1. 与对方沟通，明确扣费原因，协商解决方案；2. 若协商无果，收集证据，如合同、运单等；3. 根据合同约定或法律规定，选择诉讼或仲裁途径，向法院或仲裁机构申请维权，依据《民法典》要求支付运费。