就业协议书违约金应双方协商确定，无固定标准。依据《民法典》第五百八十五条，违约金需根据违约情况及损失赔偿额计算方法约定。不及时处理可能导致双方权益受损，引发法律纠纷。
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就业协议书违约金的处理方式有协商、调解、诉讼等。建议先通过协商或调解解决，若无法达成一致，再考虑诉讼途径，以确保双方权益得到妥善处理。
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违约金需协商。具体操作：1. 双方应明确违约金的数额及计算方法，并写入就业协议；2. 如发生违约，先尝试友好协商；3. 协商不成，可寻求第三方调解；4. 若仍无法解决，可依法提起诉讼，依据《民法典》维护自身权益。